Das Cydia pomonella granulovirus (CpGV) ist ein hoch virulentes Pathogen der Larven des Apfelwicklers (= Obstmade) (CM, Cydia pomonella L.) und ist eines der erfolgreichsten kommerziellen Baculovirus-basierten biologischen Pflanzenschutzmittel; es wird weltweit auf mehreren hunderttausend Hektar im Kernobstanbau eingesetzt. In den letzten Jahren wurden drei Resistenztypen (I bis III) in Freilandpopulationen des Apfelwicklers gegenüber CpGV beobachtet, andererseits wurden aber auch Resistenz-brechende CpGV-Isolate entdeckt. Das System CpGV-Apfelwickler stellt somit ein ideales Model dar, die Interaktion und genetische Adaptation von Baculoviren und ihren Wirten zu untersuchen. Das Ziel dieser Dissertation ist die Evaluierung des Potentials kürzlich entdeckter CpGV-Isolate aus dem Nordwesten Chinas anfällige und resistente Apfelwicklerlinien zu infizieren, und die Stabilität und Wiederherstellung des Reistenzttyp I des Apfelwicklerstammes CpRR1 mittels Massenkreuzungen und viraler Selektion zu untersuchen. Um die genotypischen und biologischen Unterschiede des CpGV näher zu bestimmen, wurde die Populationsstruktur von 20 CpGV-Isolaten mittels Illumina next generation sequenzierung (NGS) charakterisiert. Diese umfassen sieben neue chinesische CpGV-Isolate, die als CpGV-ZY, -JQ, -ALE, -KS1, -KS2, -ZY2 und -WW bezeichnet wurden, die re-sequenzierten Isolate CpGV-M, -S, -E2, -I12 und das Iranische Isolate CpGV-I0X, sowie die Wirkstoffe der kommerziellen Selektionen MadexPlus, MadexMAX, MadexTOP (V15), V14, V34, V45 und Carpovirusine EVO2. Zunächst wurden Resistenztests oder Bioassays durchgeführt, um die Resistenz-brechenden Eigenschaftenoder die mittlere letale Konzentration (LC50) der sieben chinesischen CpGV-Isolate gegenüber anfälligen und resistenten Apfelwickler-Stämmen des Resistenztyps I-III zu bestimmen (Kapitel 2). Die Isolate wurden weiterhin auf das Vorhandensein der zusätzlichen 2×12 bp-Wiederholungsinsertion in CpGV-Gen pe38 (ORF24), das als Zielort des Resistenztyps I in CpGV-M gilt, mittels PCR und Sanger-Sequenzierung überprüft. Es wurde festgestellt, dass die Isolate CpGV-JQ, -KS1 und -ZY2 den Resistenztyp I brechen, obgleich eine deutliche Verzögerung im Infektionsverlauf zu beobachten war. Alle Isolate folgten dem früher etablierten „pe38-Modell“ der Resistenzbrechung, mit Ausnahme von CpGV-WW. Dieses Isolat beherbergte zwar den genetischen Faktor zur Resistenzbrechung, zeigte aber eine geringe Virulenz gegenüber CpRR1 (Resistenztyp I), andererseits jedoch eine hohe Aktivität gegenüber Apfelwicklerstämmen des Resistenztyps II und III. Der Zusammenhang der Ergebnisse aus den Infektionsversuchen und die Kartierung der 12 bp-Wiederholungen in den einzelnen Isolaten stützen ganz überwiegend die frühere Hypothese, dass pe38 das Hauptziel des Resistenztyps I ist. Zweitens, Resistenztests mit CpGV-M zeigten eine gewisse Abnahme des Resistenzniveaus des Apfelwickler-Stammes CpRR1 (Resistenztyps I), nachdem dieser Stamm mehrere Jahre ohne Virusdruck gehalten worden war (Kapitel 3). Daher wurden zwei neu selektierte Apfelwicklerlinien, CpRR1_F5 und CpRR1_F7, durch Massenkreuzungen in Verbindung mit einer Selektion durch CpGV-M etabliert. Das Resistenzniveau der neu ausgewählten Linien wurde mittels Bestimmung der mittleren letalen Konzentration (LC50) ermittelt. Das erfolgreiche Selektionsverfahren führte zu einem 15- bis 160-fachen Anstieg des LC50-Wertes von CpRR1_F5 gegenüber CpRR1, was darauf hindeutete, dass die mehrjährige Zucht ohne Virusselektion die Hauptursache gewesen sein könnte, die zu dem beobachteten Resistenzverlust von CpRR1 geführt hatte. Zudem wurden Fitnesskosten in Bezug aud die Fertilität der Linie CpRR1_F5 erfasst. Einzelpaarkreuzungen von CpRR1_F5 und CpRR1_F7 mit einer anfälligem Apfelwicklerlinie, gefolgt von einem Resistenztest mit einer diskriminierenden Konzentration von CpGV-M Einschlusskörpern, ergab eine dominante, aber nicht vollständig geschlechtsgebundene Vererbung der Resistenz, die auf eine partielle Veränderung des ursprünglichen genetischen Merkmals von CpRR1 hinweist. Da die genomischen Unterschiede zwischen den sieben Chinesischen CpGV-Isolaten mit ihrer biologischen Aktivitäten korreliert sein könnten, wurden deren Genome mittels Illumina NGS sequenziert (Kapitel 4). Die Genomannotation und die phylogenetischen Untersuchungen zeigten, dass deren Genome trotz der beträchtlichen geographischen Entfernung zu anderen Herkunftsorten des CpGV stark konserviert waren und Verwandtschaften mit anderen bekannten CpGV-Isolaten aufwiesen. Zusätzlich zu den bereits früher definierten phylogenetischen CpGV-Genomgruppen A bis E wurden zwei weitere Genomgruppen F (CpGV-JQ und -ZY2) und G (CpGV-ALE) gefunden. Die genetische Zusammensetzung der sieben CpGV-Isolate wurde anhand früher identifizierter Genomgruppen-spezifischer Einzelnukleotidpolymorphismen (single nucleotide polymorphisms, SNPs) quantifiziert. Im Vergleich zum bisherigen Kenntnisstand der genetischen Diversität des CpGV wurden in den neuen CpGV-Isolaten 223 neue SNP-Positionen von insgesamt 563 SNPs gegenüber der Referenzsequenz des CpGV-M nachgewiesen, die Sequenzsignaturen chinesischer CpGV-Isolate darstellten. Basierend auf der SNP-Verteilung wurde das Isolat CpGV-WW als ein sehr homogenes Isolat der Genomgruppe E klassifiziert, während die sechs anderen Isolate Mischungen von mindestens zwei Genotypen darstellten: die Isolate CpGV-ZY, -KS1 und -KS2 waren sehr ähnlich zu einander und bestanden aus einem variablen Verhältnis von Isolaten der Genomgruppe A (CpGV-M) und der Genomgruppe E (CpGV-WW). Eine detaillierte Quantifizierung der 12-bp-Wiederholungseinheit im Gen pe38 entsprach den mittels PCR und Sanger-Sequenzierung erhaltenen Ergebnissen aus Kapitel 2. Um einen umfassenden Blick auf die genetische Diversität von 20 CpGV-Isolaten verschiedener Herkünfte, einschließlich zwölf geografischer Isolate und acht selektierten CpGV-Stämmen, zu werfen, wurden die Verteilung und die Häufigkeit von SNPs und das Vorkommen der 12 bp-Wiederholung im Gen pe38 untersucht (Kapitel 5). Die Ergebnisse zeigten, dass CpGV-M, -WW, -S und MadexPlus genetisch sehr homogene Isolate mit einer sehr niedrigen Rate an Polymorphismen waren, während andere Isolate Mischungen aus zwei oder mehr Genomgruppen mit unterschiedlichen Verhältnissen zusammengeordnet werden konnten. Basierend auf einer Hauptkomponentenanalyse und hierarchischen Clusterung (HCPC) der Häufigkeitsverteilungen aller SNPs wurden die 20 CpGV-Genome in sechs verschiedene Cluster eingeordnet, die den früher vorgeschlagenen phylogenetischen Hauptlinien des CpGV entsprechen. Insertionen und Deletionen wurden bei der Clusterung nicht berücksichtigt. Die relative Lage des verschiedenen Isolate innerhalb der HCPC-Analyse spiegelte ferner das Verhältnis der variablen Zusammensetzungen verschiedener Genomgruppen wider. Die Messung des Anteils der 1-5×12 bp-Wiederholungseinheiten des pe38 in den verschiedenen Isolaten wurde unter Verwendung einer „Read-Counting“-Methode optimiert und zeigte eine sehr hohe Variabilität dieser Wiederholungsstruktur innerhalb der einzelnen CpGV-Isolate. Die etablierten Methoden der SNP-Quantifizierung und HCPC-Analyse bieten neuartige Werkzeuge zur Entschlüsselung der molekularen Komplexität von Genomgemischen in Virusisolaten, wodurch die Populationsstruktur von Baculovirus-Isolaten in einer angemesseneren Form als durch Analysen, die auf Konsensussequenzen der Genome beruhen, dargestellt werden kann. Zusammenfassend haben die Ergebnisse dieser Arbeit gezeigt, dass sich der Resistenzverlust von CpRR1 im Labor durch dauerhafte Zucht ohne Virusdruck entwickelte und nur teilweise re-selektiert werden konnte. Neu entdeckte CpGV-Isolate aus China sind potenziell für die Bekämpfung von Apfelwicklerpopulationen mit CpGV-Resistenz geeignet. Die Untersuchung der genetischen Diversität und der Populationsstruktur CpGV-Isolaten mit unterschiedlicher Herkunft bieten nicht nur einen vertieften und detaillierten Einblick in die molekular Diversität des CpGV in Korrelation mit seinen Virulenzeigenschaften, sowie einen wichtigen Beitrag zum Verständnis der gegenseitigen Anpassung zwischen Baculovirus und ihren Wirtsinsekten, sondern liefern auch entsprechende genetische Informationen um die derzeitigen Strategien des Resistenzmanagements bei CpGV weiterzuentwickeln.