Membranassoziierte Proteine haben oft eine Schlüsselrolle bei der Entstehung und Behandlung schwerer Krankheiten (z.B. Multiple Sklerose, Krebs). Zuverlässige Synthesemethoden für stark hydrophobe Peptide sind wesentlich für eine effiziente Herstellung membranassoziierter Peptide/Proteine. Insbesondere die chemische Peptidsynthese ermöglicht einen schnellen Einbau spezifischer Modifikationen, wie z.B. unnatürliche Aminosäuren, Schutzgruppen oder Isotopenmarkierungen für funktionelle oder strukturelle Studien. Die Herstellung ausreichender Peptidmengen durch Fmoc-basierte Festphasenpeptidsynthese (Fmoc-SPPS) und nativer chemische Ligation (NCL) ist jedoch häufig auf gut lösliche Peptidsequenzen beschränkt. Die Synthese von „schwierigen Sequenzen“ oder stark hydrophoben Peptiden ist oftmals mit schlechten Ausbeuten oder einem vollständigen Versagen der Synthese verbunden. Diese Arbeit konzentriert sich auf die Entwicklung zuverlässiger Synthesemethoden für stark hydrophobe Peptide, mit Hilfe temporär gebundener, C-terminaler Löslichkeits-Tags und löslichkeitsverbessernder Additive, wie fluorierten Alkoholen oder ionischen Flüssigkeiten. Als Modellpeptid für diese Studie wurde die Influenza B Protonenkanalsequenz BM2(1-51) verwendet. Diese Proteinsequenz spielt eine Schlüsselrolle bei der Vermehrung des Influenza B Virus und ist daher für die Entwicklung möglicher antigrippaler Arzneimittel von großer Bedeutung. Die entwickelte C-terminale Ligationsstrategie basiert auf einem abspaltbaren Löslichkeits-Tag, der an die Thioester-bildende Umlagerungsgruppe 2-Hydroxy-3-mercaptopropanamid (Hmp) gebunden ist. Durch Anbringen von Polylysin- oder PEG-Gruppen an Hmp konnte eine deutlich erhöhte Löslichkeit während der Aufreinigung und Ligation erreicht werden. Dieser Ansatz ermöglichte Ligationsausbeuten von bis zu 90% und erlaubte erstmals eine chemische Totalsynthese der BM2(1-51) Sequenz. Die in dieser Arbeit untersuchten externen Methoden zur Löslichkeitsverbesserung basieren auf der Zugabe von Hexafluorisopropanol (HFIP) oder der ionischen Flüssigkeit 1-Ethyl-3-methylimidazoliumacetat [C2mim][OAc] als Additive für die NCL und Cys-Desulfurierung. Dabei erwies sich HFIP als hocheffizientes Additiv für schwerlösliche Hmp-Peptide, was zu nahezu quantitativen Ausbeuten während der Ligation und Desulfurierung führte. Die Untersuchung der ionischen Flüssigkeit [C2mim][OAc] lieferte einen tiefen Einblick in die Modifizierung von Thiolverbindungen und cysteinhaltiger Peptide durch N-heterocyclische Carbene (NHC). Schließlich wurden Bedingungen gefunden, unter denen NHC-bedingte Nebenreaktionen vollständig unterdrückt werden konnten. Durch diese Erkenntnisse konnte ein neuer „IL-basierter Ligationspuffer“ entwickelt werden, der erfolgreich für die Herstellung von BM2(1-51) eingesetzt wurde.