Identifikation von RNA-Motiven durch Datenbankanalysen

In dieser Dissertation wurden sequenz- und strukturbasierte Beschreibungen von RNA-Klassen, insbesondere von Ribozymen erstellt. Diese Beschreibungen dienten dazu, öffentlich zugängliche Genomdatenbanken auf Vorkommen der betreffenden Klassen zu untersuchen. Die gefundenen Motive wurden sowohl im Dateisystem, als auch in einer MySQL-Datenbank gespeichert und durch einen ProServer visualisiert. Die Arbeit zielt damit darauf ab, die Verbreitung der Motive zu analysieren und zu annotieren, um somit Einblicke in deren Evolution zu erhalten. In einem zweiten Projekt wurden RNA Deep Sequencing Daten eines Wildtyps und einer Gendeletionsmutante einer RNA-abhängigen RNA-Polymerase aus Dictyostelium discoideum ausgewertet, um den Einfluss auf Retrotransposons und die Genregulation durch RNA-Moleküle zu untersuchen.

This thesis is about the development of sequence and structure based descriptions of RNA classes, especially of ribozymes. These descriptions are used to search the classes in public available genome databases. The found motifs are stored in the file system and in a MySQL database and can be visualized by a ProServer. The aim of this thesis was the identification, analysis and annotation of the motifs and their distribution to get insights into their evolution. A second project of the thesis was the analysis of RNA Deep Sequencing data. Therefor small RNA of an RNA-dependent RNA polymerase (RdRP) wild type and a gene deletion mutant of Dictyostelium discoideum were analyzed to check the influence of RdRP on retrotransposable elements and gene regulation by RNA molecules.