TU Darmstadt / ULB / TUprints

Investigating SMAD Signaling Dynamics and Function in Single Cells

Huang, Zixin (2024)
Investigating SMAD Signaling Dynamics and Function in Single Cells.
Technische Universität Darmstadt
doi: 10.26083/tuprints-00028725
Ph.D. Thesis, Primary publication, Publisher's Version

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Item Type: Ph.D. Thesis
Type of entry: Primary publication
Title: Investigating SMAD Signaling Dynamics and Function in Single Cells
Language: English
Referees: Löwer, Prof. Dr. Alexander ; Legewie, Prof. Dr. Stefan
Date: 4 December 2024
Place of Publication: Darmstadt
Collation: ix, 167 Seiten
Date of oral examination: 25 October 2024
DOI: 10.26083/tuprints-00028725
Abstract:

SMAD signaling is crucial for regulating key cellular processes such as differentiation, proliferation, apoptosis, migration, and extracellular matrix production. The pathway gets activated when ligands of the TGF-beta superfamily bind to specific serine/threonine kinase receptors on the cell surface and induce the formation of receptor complexes that phosphorylate SMAD proteins at their C-terminal domains. Phosphorylated SMADs then form oligomes that translocate to the nucleus to regulate gene expression. Despite extensive knowledge of TGF-beta pathway components, understanding how pathway activation translates into distinct cellular responses, especially at the single-cell level and across various ligands, remains limited. To address this, I explored SMAD signaling dynamics using quantitative, time-resolved measurements of fluorescent reporters and computer-aided data analysis. Through live-cell imaging and fluorescent reporter systems, I investigated the signaling dynamics of SMAD2/3 and SMAD1/5/9 in response to different ligands and cellular conditions, focusing on their roles in cells of the mammary gland epithelium and endothelium. This research aims to deepen our understanding of the mechanisms underlying SMAD dynamics in regulating cell fate decisions. Our previous studies of TGF-beta superfamily ligands revealed varied SMAD2 responses depending on cellular states. TGF-beta triggered a strong SMAD2 response in proliferating cells, which was diminished in quiescence. In contrast, Activin A induced consistent SMAD2 responses across different cellular states and GDF11 led to opposing effects— enhanced SMAD2 activity in quiescent cells and attenuated responses in proliferating cells. Interestingly, there was evidence that the resulting cell fate decisions at the single-cell level are more influenced by SMAD signaling intensity than by ligand specificity. To build on these findings, the first part of my research addressed two key questions: Is the intensity of the SMAD response indeed correlated with cell fate decisions across different TGF-beta superfamily ligands? And what mechanisms modulate the SMAD response across cell states in the presence of different ligands? Using Activin A treatment, I could show that SMAD2 nuclear accumulation in MCF10A cells correlates strongly with cellular phenotype, with cell state being a more significant factor than ligand type. EGF was identified as a crucial modulator of the SMAD2 response network, capable of rescuing apoptosis in quiescent cells regardless of the ligand. Furthermore, I dissected the role of phosphorylation in the SMAD2 linker region for stimulus- and state-specific signaling by generating reporter cell lines with mutations of the corresponding phosphorylation sites. When examining the role of SMAD3, I observed that its knockout led to uniform SMAD2 nuclear translocation in both proliferating and quiescent cells upon GDF11 stimulation, but did not change the response pattern to TGF-beta. Reintroducing SMAD3 attenuated SMAD2 accumulation in response to GDF11, with attenuation levels correlating with SMAD3 expression. To gain deeper insights into the factors influencing state- and ligand-specific SMAD signaling, I utilized RNA sequencing to identify proteins that modulate the SMAD3-mediated SMAD2 response induced by GDF11. This analysis highlighted several genes regulated by the SMAD3 pathway. From these observations, I propose that an extracellular feedback mechanism driven by SMAD3 may play a critical role in modulating the SMAD2 response, offering new perspectives on how SMAD signaling is dynamically regulated in different cellular contexts. Building on insights from SMAD2/3 signaling in epithelial cells, I investigated the SMAD1/5/9 pathway in vascular endothelial cells. My primary goal was to compare how SMAD1, SMAD5, and SMAD9 respond to various TGF-beta superfamily ligands, revealing both unique and overlapping activation effects of these signaling components. Furthermore, I aimed to explore how the balance between the SMAD1/5/9 and SMAD2/3 pathways shifts with different ligands and impacts cellular responses. To achieve this, I developed fluorescent reporter cell lines for SMAD1, SMAD5, and SMAD9 in EA.hy926 vascular endothelial cells and characterized the dynamics and sensitivities of the signaling mediators. To understand how SMAD1/5/9 respond to various TGF-beta superfamily ligands, I focused on their distinct and overlapping effects. My findings revealed that only BMP9 and BMP10 robustly induced SMAD nuclear accumulation. I identified FKBP12 as a key inhibitor of ALK2- mediated SMAD1/5/9 activation which restricts their activation by ligands such as BMP7 and Activin A. Notably, these ligands activate both the SMAD2/3 and SMAD1/5/9 pathways in the absence of FKBP12. Using a dual SMAD1-SMAD2 reporter system, I investigated the balance between SMAD1 and SMAD2 and I identified distinct receptor complexes involved in SMAD2/3 activation: BMP7- induced activation relies on ALK4/ALK2 heterodimers, while Activin A-induced activation involves both ALK4/ALK2 heterodimers and ALK4 homodimers. Both ligands use ALK2 homodimers for SMAD1/5/9 activation. Finally, I investigated the cellular responses initiated through SMAD1/5/9 and/or SMAD2/3 activation and confirmed a cooperative interaction between the SMAD1/5/9 and SMAD2/3 pathways, highlighting FKBP12's role as a key regulator of SMAD1/5/9 activity. Collectively, these findings offer new insights into how SMAD dynamics influence single-cell outputs in both epithelial and endothelial cells. Specifically, SMAD3 mediates the GDF11-induced SMAD2 response in MCF10A cells in a dose-dependent manner, while FKBP12 plays a crucial role in regulating SMAD1/5/9 responses to BMP7 and Activin A in EA.hy926 cells. This research elucidates key factors involved in the regulation of SMAD signaling in response to various ligand stimuli, deepening our understanding of their roles in diverse cellular processes.

Alternative Abstract:
Alternative AbstractLanguage

Die SMAD-Signalübertragung ist entscheidend für die Regulierung wichtiger zellulärer Prozesse wie Differenzierung, Proliferation, Apoptose, Migration und Produktion extrazellulärer Matrix. Der Signalweg wird aktiviert, wenn Liganden der TGF-beta-Superfamilie an spezifische Serin/Threonin Kinaserezeptoren auf der Zelloberfläche binden und die Bildung von Rezeptorkomplexen induzieren, die SMAD-Proteine an ihren C-terminalen Domänen phosphorylieren. Die phosphorylierten SMADs bilden dann Oligome, die in den Zellkern wandern und die Genexpression regulieren. Trotz des umfangreichen Wissens über die Komponenten des TGF-beta-Signalwegs ist das Verständnis darüber, wie die Aktivierung des Signalwegs zu unterschiedlichen zellulären Reaktionen führt, insbesondere auf Einzelzellebene und bei verschiedenen Liganden, noch begrenzt. Um dieses Problem zu lösen, habe ich die Dynamik der SMAD-Signalübertragung mithilfe quantitativer, zeitaufgelöster Messungen von Fluoreszenzreportern und computergestützter Datenanalyse untersucht. Mit Hilfe von Live-Cell Imaging und Fluoreszenzreportersystemen untersuchte ich die Signaldynamik von SMAD2/3 und SMAD1/5/9 als Reaktion auf verschiedene Liganden und zelluläre Bedingungen, wobei ich mich auf ihre Rolle in Zellen des Brustdrüsenepithels und des Endothels konzentrierte. Diese Forschung zielt darauf ab, unser Verständnis der Mechanismen zu vertiefen, die der SMAD-Dynamik bei der Regulierung von Zellschicksalsentscheidungen zugrunde liegen. Unsere früheren Studien mit Liganden der TGF-beta-Superfamilie haben gezeigt, dass SMAD2 je nach Zellzustand unterschiedlich reagiert. TGF-beta löste in proliferierenden Zellen eine starke SMAD2- Reaktion aus, die in der Ruhephase abgeschwächt war. Im Gegensatz dazu löste Activin A konsistente SMAD2-Reaktionen in verschiedenen Zellstadien aus, und GDF11 führte zu gegensätzlichen Effekten - erhöhte SMAD2-Aktivität in ruhenden Zellen und abgeschwächte Reaktionen in proliferierenden Zellen. Interessanterweise gab es Hinweise darauf, dass die daraus resultierenden Entscheidungen über das Zellschicksal auf Einzelzellebene eher von der Intensität der SMAD-Signalisierung als von der Ligandenspezifität beeinflusst werden. Aufbauend auf diesen Erkenntnissen beschäftigte sich der erste Teil meiner Forschung mit zwei Schlüsselfragen: Ist die Intensität der SMAD-Reaktion tatsächlich mit den Entscheidungen über das Zellschicksal bei verschiedenen Liganden der TGF-beta-Superfamilie korreliert? Und welche Mechanismen modulieren die SMAD-Antwort in verschiedenen Zellstadien in Gegenwart unterschiedlicher Liganden? Durch die Behandlung mit Activin A konnte ich zeigen, dass die Akkumulation von SMAD2 im Zellkern von MCF10A-Zellen stark mit dem zellulären Phänotyp korreliert, wobei der Zellzustand ein wichtigerer Faktor ist als der Ligandentyp. EGF wurde als entscheidender Modulator des SMAD2-Reaktionsnetzwerks identifiziert, der in der Lage ist, die Apoptose in ruhenden Zellen unabhängig vom Liganden zu retten. Darüber hinaus untersuchte ich die Rolle der Phosphorylierung in der SMAD2-Linker-Region für die stimulus- und zustandsspezifische Signalübertragung, indem ich Reporterzelllinien mit Mutationen der entsprechenden Phosphorylierungsstellen erzeugte. Bei der Untersuchung der Rolle von SMAD3 stellte ich fest, dass sein Knockout zu einer einheitlichen SMAD2-Kerntranslokation sowohl in proliferierenden als auch in ruhenden Zellen nach GDF11-Stimulation führte, aber das Reaktionsmuster auf TGF-beta nicht veränderte. Die Wiedereinführung von SMAD3 schwächte die SMAD2-Akkumulation als Reaktion auf GDF11 ab, wobei die Schwächungswerte mit der SMAD3-Expression korrelierten. Um tiefere Einblicke in die Faktoren zu gewinnen, die die zustands- und ligandspezifische SMAD-Signalgebung beeinflussen, habe ich die RNA-Sequenzierung genutzt, um Proteine zu identifizieren, die die durch GDF11 induzierte SMAD3-vermittelte SMAD2-Reaktion modulieren. Diese Analyse ergab, dass mehrere Gene durch den SMAD3-Signalweg reguliert werden. Aus diesen Beobachtungen schließe ich, dass ein extrazellulärer Rückkopplungsmechanismus, der von SMAD3 angetrieben wird, eine entscheidende Rolle bei der Modulation der SMAD2-Antwort spielen könnte, was neue Perspektiven für die dynamische Regulierung der SMAD-Signalübertragung in verschiedenen zellulären Kontexten eröffnet. Aufbauend auf den Erkenntnissen über die SMAD2/3-Signalübertragung in Epithelzellen habe ich den SMAD1/5/9-Signalweg in vaskulären Endothelzellen untersucht. Mein primäres Ziel war es, zu vergleichen, wie SMAD1, SMAD5 und SMAD9 auf verschiedene Liganden der TGF-beta Superfamilie reagieren, und dabei sowohl einzigartige als auch überlappende Aktivierungseffekte dieser Signalkomponenten aufzudecken. Darüber hinaus wollte ich untersuchen, wie sich das Gleichgewicht zwischen den SMAD1/5/9- und SMAD2/3-Signalwegen bei verschiedenen Liganden verschiebt und die zellulären Reaktionen beeinflusst. Zu diesem Zweck entwickelte ich fluoreszierende Reporterzelllinien für SMAD1, SMAD5 und SMAD9 in EA.hy926-Gefäßendothelzellen und charakterisierte die Dynamik und Empfindlichkeit der Signalüberträger. Um zu verstehen, wie SMAD1/5/9 auf verschiedene Liganden der TGF-beta-Superfamilie reagieren, konzentrierte ich mich auf deren unterschiedliche und sich überschneidende Wirkungen. Meine Ergebnisse zeigten, dass nur BMP9 und BMP10 eine robuste Akkumulation von SMAD im Zellkern bewirken. Ich identifizierte FKBP12 als einen wichtigen Inhibitor der ALK2-vermittelten SMAD1/5/9-Aktivierung, der deren Aktivierung durch Liganden wie BMP7 und Activin A einschränkt. Bemerkenswert ist, dass diese Liganden in Abwesenheit von FKBP12 sowohl den SMAD2/3- als auch den SMAD1/5/9-Weg aktivieren. Mit einem dualen SMAD1-SMAD2-Reportersystem habe ich das Gleichgewicht zwischen SMAD1 und SMAD2 untersucht und verschiedene Rezeptorkomplexe identifiziert, die an der SMAD2/3-Aktivierung beteiligt sind: Die BMP7-induzierte Aktivierung beruht auf ALK4/ALK2- Heterodimeren, während die Activin A-induzierte Aktivierung sowohl ALK4/ALK2-Heterodimere als auch ALK4-Homodimere umfasst. Beide Liganden nutzen ALK2-Homodimere für die Aktivierung von SMAD1/5/9. Schließlich untersuchte ich die zellulären Reaktionen, die durch die Aktivierung von SMAD1/5/9 und/oder SMAD2/3 ausgelöst werden, und bestätigte eine kooperative Interaktion zwischen den SMAD1/5/9- und SMAD2/3-Wegen, wobei ich die Rolle von FKBP12 als Schlüsselregulator der SMAD1/5/9-Aktivität hervorhob. Insgesamt bieten diese Ergebnisse neue Einblicke in die Art und Weise, wie die SMAD-Dynamik die Leistung einzelner Zellen sowohl in Epithel- als auch in Endothelzellen beeinflusst. Insbesondere vermittelt SMAD3 die GDF11-induzierte SMAD2-Reaktion in MCF10A-Zellen in einer dosisabhängigen Weise, während FKBP12 eine entscheidende Rolle bei der Regulierung der SMAD1/5/9-Reaktionen auf BMP7 und Activin A in EA.hy926-Zellen spielt. Diese Forschung klärt Schlüsselfaktoren auf, die an der Regulierung der SMAD-Signalübertragung als Reaktion auf verschiedene Ligandenstimuli beteiligt sind, und vertieft unser Verständnis ihrer Rolle in verschiedenen zellulären Prozessen.

German
Status: Publisher's Version
URN: urn:nbn:de:tuda-tuprints-287257
Classification DDC: 500 Science and mathematics > 570 Life sciences, biology
Divisions: 10 Department of Biology > Systems Biology of the Stress Response
Date Deposited: 04 Dec 2024 12:23
Last Modified: 06 Dec 2024 08:14
URI: https://tuprints.ulb.tu-darmstadt.de/id/eprint/28725
PPN: 524397597
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