TU Darmstadt / ULB / TUprints

Merge Two into One: Multispecific Symmetric Antibodies for Cancer Immunotherapy

Harwardt, Julia (2024)
Merge Two into One: Multispecific Symmetric Antibodies for Cancer Immunotherapy.
Technische Universität Darmstadt
doi: 10.26083/tuprints-00027848
Ph.D. Thesis, Primary publication, Publisher's Version

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Item Type: Ph.D. Thesis
Type of entry: Primary publication
Title: Merge Two into One: Multispecific Symmetric Antibodies for Cancer Immunotherapy
Language: English
Referees: Kolmar, Prof. Dr. Harald ; Schülke, PD Dr. Stefan
Date: 9 August 2024
Place of Publication: Darmstadt
Collation: 145 Seiten in verschiedenen Zählungen
Date of oral examination: 22 July 2024
DOI: 10.26083/tuprints-00027848
Abstract:

This work is focused on the generation and characterization of multispecific symmetric antibodies for cancer immunotherapy. In contrast to asymmetric antibodies, where protein engineering technologies need to be applied to ensure the correct pairing of the different polypeptide chains, symmetric antibodies consist of two identical heavy and light chains. Consequently, these molecules exhibit monoclonal antibody (mAb)-like characteristics in terms of established manufacturing and a conventional approval process. Two-in-One antibodies are symmetrical tetravalent IgG-like bispecific antibodies (bsAbs) in which each fragment antigen binding (Fab) addresses two distinct antigens. Simultaneous targeting of two tumor-associated antigens (TAAs) on the same malignant cell offers advantages like increased specificity and reduced immune escape. Affinity optimization can further improve the efficacy of drug candidates and limit adverse effects.

The first investigation within this cumulative thesis was dedicated on the generation of a symmetrical Two-in-One antibody targeting epidermal growth factor receptor (EGFR) and programmed cell death ligand-1 (PD-L1), two therapeutic targets upregulated in many solid tumors. To this end, the heavy chain of a chicken-derived anti-PD-L1 common light chain (cLC) antibody was combined with a chicken-derived anti-EGFR light chain yeast surface display (YSD) library, followed by subsequent screening for binding properties towards both antigens. The isolated Two-in-One antibody HCP-LCE simultaneously targeted EGFR and PD-L1 at the same Fab fragment and exhibited favorable biophysical characteristics. BLI measurements and cell-based assays revealed that HCP-LCE inhibited EGFR signaling by binding to EGFR dimerization domain II and blocked the PD-1/PD-L1 interaction. Remarkably, both antigens were addressed with comparatively low binding affinities in the double- to triple-digit nanomolar range, but specific and high-affinity cellular binding properties were demonstrated on EGFR and PD-L1 double positive tumor cells. HCP-LCE represented the first Two-in-One antibody without complementarity-determining region (CDR) engineering, targeting two antigens simultaneously with a single Fab fragment. This approach of library generation paves the way for the further development of Two-in-One antibodies derived from avian immunization with tailor-made binding properties.

In a second project, a symmetrical trispecific natural killer (NK) cell engager (NKCE) was generated based on the previously isolated Two-in-One antibody. By the simultaneous targeting of a TAA and a specific marker on the surface of NK cells, the immune function of NK cells to kill tumor cells is harnessed for tumor therapy. For the generation of such an antibody, the cLC technology was applied, an established method to circumvent light chain mispairing in multispecific antibodies. To this end, the light chain of the Two-in-One antibody HCP-LCE was used as cLC for the generation of a chicken-derived anti-CD16a YSD library. The isolated CD16a engaging cLC Fab fragment was fused in a head-to-tail setup with the parental Two-in-One antibody, resulting in a symmetrical trispecific 2+2 antibody that simultaneously bound EGFR, PD-L1 and CD16a with six independent paratopes on four Fabs. The antibody exhibited specific cellular binding on EGFR and PD-L1 double positive tumor cells and induced NK cell-mediated tumor cell killing (ADCC) already at low concentrations. This study pioneers the straightforward generation of trispecific cLC immune cell engager molecules in a 2+2 design, which facilitates subsequent process development due to the symmetrical architecture.

The third part of this work focused on the affinity maturation of the Two-in-One antibody for EGFR binding by site-directed mutagenesis and YSD in combination with fluorescence-activated cell sorting (FACS). Individual amino acids of the light chain CDR1 and CDR3 were randomized and the resulting YSD library provided a Two-in-One variant that exhibited a 60-fold improvement in EGFR binding affinity due to the replacement of a single amino acid at position three of the light chain CDR3, while PD-L1 binding was not impaired. AlphaFold2-based modeling predicted that the exchange of the neutral amino acid tyrosine to the acidic amino acid glutamic acid causes the formation of an additional salt bridge between the introduced glutamic acid and an arginine at EGFR position 165. The increase in affinity was demonstrated by BLI measurements, real-time antigen binding measurements on surfaces with a mixture of both recombinant proteins and cellular binding studies using flow cytometry and real-time interaction cytometry. This easily adaptable approach provides a generic strategy for the affinity maturation of Two-in-One antibodies.

Alternative Abstract:
Alternative AbstractLanguage

Diese Arbeit befasst sich mit der Herstellung und Charakterisierung von multispezifischen symmetrischen Antikörpern für die Krebsimmuntherapie. Im Gegensatz zu asymmetrischen Antikörpern, bei denen Protein Engineering Technologien angewendet werden müssen, um die korrekte Paarung der verschiedenen Polypeptidketten zu gewährleisten, bestehen symmetrische Antikörper aus zwei identischen schweren und leichten Ketten. Folglich weisen diese Moleküle hinsichtlich der etablierten Herstellung und des konventionellen Zulassungsverfahrens ähnliche Eigenschaften wie monoklonale Antikörper (mAb) auf. Two-in-One Antikörper sind symmetrische tetravalente IgG-ähnliche bispezifische Antikörper (bsAbs), bei denen jedes Antigenbindungsfragment (fragment antigen binding, Fab) zwei verschiedene Antigene adressiert. Die gleichzeitige Bindung von zwei tumorassoziierten Antigenen (TAAs) auf derselben bösartigen Zelle bietet Vorteile wie erhöhte Spezifität und geringere Immunevasion. Die Optimierung der Affinität kann die Wirksamkeit von Arzneimittelkandidaten weiter verbessern und unerwünschte Nebenwirkungen begrenzen.

Die erste Untersuchung im Rahmen dieser kumulativen Dissertation befasste sich mit der Generierung eines symmetrischen Two-in-One Antikörpers, der den epidermalen Wachstumsfaktor-Rezeptor (EGFR) und den programmierten Zelltod-Liganden-1 (PD-L1) bindet, zwei therapeutische Zielmoleküle, die in vielen soliden Tumoren hochreguliert sind. Dazu wurde die schwere Kette eines vom Huhn stammenden anti-PD-L1 common light chain (cLC) Antikörpers mit einer vom Huhn stammenden anti-EGFR Hefe-Display (YSD) Antikörperbibliothek kombiniert und anschließend auf Bindungseigenschaften an beide Antigene untersucht. Der isolierte Two-in-One Antikörper HCP-LCE adressierte EGFR und PD-L1 gleichzeitig mit demselben Fab-Fragment und wies vorteilhafte biophysikalische Eigenschaften auf. BLI-Messungen und zellbasierte Assays ergaben, dass HCP-LCE die EGFR-Signalübertragung durch Bindung an die EGFR Dimerisierungsdomäne II hemmt und die PD-1/PD-L1-Interaktion blockiert. Bemerkenswerterweise wurden beide Antigene mit vergleichsweise geringen Bindungsaffinitäten im zweistelligen bis dreistelligen nanomolaren Bereich adressiert, jedoch wurden spezifische und hochaffine zelluläre Bindungseigenschaften auf EGFR- und PD-L1-doppelpositive Tumorzellen nachgewiesen. HCP-LCE ist der erste Two-in-One Antikörper ohne complementarity-determining region (CDR) Engineering, der mit einem einzigen Fab-Fragment zwei Antigene gleichzeitig bindet. Dieser Ansatz der Bibliotheksgenerierung ebnet den Weg für die weitere Entwicklung von aus der Vogelimmunisierung stammenden Two-in-One Antikörpern mit maßgeschneiderten Bindungseigenschaften.

In dem zweiten Projekt wurde ein symmetrischer trispezifischer natürlicher Killer (NK) Zell-Engager (NKCE) auf der Grundlage des zuvor isolierten Two-in-One Antikörpers entwickelt. Durch die gleichzeitige Adressierung eines TAA und eines spezifischen Markers auf der Oberfläche von NK-Zellen wird die Immunfunktion von NK-Zellen zur Eliminierung von Tumorzellen für die Tumortherapie nutzbar gemacht. Zum Aufbau eines solchen Antikörpers wurde die cLC-Technologie eingesetzt, eine etablierte Methode zur Vermeidung von Fehlpaarungen der leichten Kette in multispezifischen Antikörpern. Dazu wurde die leichte Kette des Two-in-One Antikörpers HCP-LCE als cLC für die Herstellung einer vom Huhn stammenden anti-CD16a YSD-Bibliothek verwendet. Das isolierte cLC Fab-Fragment, das an CD16a bindet, wurde in einer Head-to-Tail-Konfiguration mit dem parentalen Two-in-One Antikörper fusioniert, wodurch ein symmetrischer trispezifischer 2+2 Antikörper entstand, der gleichzeitig EGFR, PD-L1 und CD16a mit sechs unabhängigen Paratopen auf vier Fabs adressierte. Der Antikörper zeigte eine spezifische zelluläre Bindung an EGFR- und PD-L1-doppelpositive Tumorzellen und verursacht eine NK-Zell-vermittelte Tumorzellabtötung (ADCC) bereits bei niedrigen Konzentrationen. Diese Studie leistet Pionierarbeit bei der unkomplizierten Herstellung trispezifischer cLC Immunzell-aktivierender Antikörper in einem 2+2 Design, die aufgrund ihrer symmetrischen Architektur die nachfolgende Prozessentwicklung erleichtern.

Der dritte Teil dieser Arbeit befasste sich mit der Affinitätsoptimierung des Two-in-One Antikörpers hinsichtlich der EGFR-Bindung durch zielgerichtete Mutagenese und YSD in Kombination mit fluoreszenzaktivierter Zellsortierung (FACS). Einzelne Aminosäuren der CDR1 und CDR3 der leichten Kette wurden randomisiert, und die resultierende YSD Bibliothek lieferte eine Two-in-One Variante, die eine 60-fache Verbesserung der EGFR-Bindungsaffinität durch den Austausch einer einzelnen Aminosäure an Position drei der CDR3 der leichten Kette aufwies, während die PD-L1-Bindung nicht beeinträchtigt wurde. Die AlphaFold2-basierte Modellierung sagte voraus, dass der Austausch der neutralen Aminosäure Tyrosin gegen die saure Aminosäure Glutaminsäure die Bildung einer zusätzlichen Salzbrücke zwischen der eingeführten Glutaminsäure und einem Arginin an EGFR-Position 165 verursacht. Die erhöhte Affinität wurde durch BLI-Messungen, Echtzeit-Antigenbindungsmessungen auf Oberflächen mit einer Mischung aus beiden rekombinanten Proteinen und zellulären Bindungsstudien mittels Durchflusszytometrie und Echtzeit-Interaktionszytometrie nachgewiesen. Dieser Ansatz zur Affinitätsoptimierung bietet eine breit anwendbare generische Strategie für die Affinitätsreifung von Two-in-One Antikörpern.

German
Status: Publisher's Version
URN: urn:nbn:de:tuda-tuprints-278482
Classification DDC: 500 Science and mathematics > 540 Chemistry
500 Science and mathematics > 570 Life sciences, biology
Divisions: 07 Department of Chemistry > Clemens-Schöpf-Institut > Fachgebiet Biochemie
Date Deposited: 09 Aug 2024 12:16
Last Modified: 12 Aug 2024 06:12
URI: https://tuprints.ulb.tu-darmstadt.de/id/eprint/27848
PPN: 520571193
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