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Isolierung neuer Cyanid-produzierender Bakterien, Identifizierung und Manipulation der Cyanidsynthaseoperons zur Optimierung der Biolaugung von Edelmetallen

Schuster, Carolin (2024)
Isolierung neuer Cyanid-produzierender Bakterien, Identifizierung und Manipulation der Cyanidsynthaseoperons zur Optimierung der Biolaugung von Edelmetallen.
Technische Universität Darmstadt
doi: 10.26083/tuprints-00026949
Ph.D. Thesis, Primary publication, Publisher's Version

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Item Type: Ph.D. Thesis
Type of entry: Primary publication
Title: Isolierung neuer Cyanid-produzierender Bakterien, Identifizierung und Manipulation der Cyanidsynthaseoperons zur Optimierung der Biolaugung von Edelmetallen
Language: German
Referees: Kletzin, PD Dr. Arnulf ; Simon, Prof. Dr. Jörg
Date: 22 April 2024
Place of Publication: Darmstadt
Collation: IX, 200 Seiten
Date of oral examination: 15 March 2024
DOI: 10.26083/tuprints-00026949
Abstract:

Cyanwasserstoff, auch als Blausäure bekannt, ist eine toxische chemische Verbindung. Die bisher bekanntesten bakteriellen Cyanidproduzenten sind Pseudomonas aeruginosa PAO1, Ps. fluorescens/protegens CHA0, Chromobacterium violaceum und Priestia megaterium. Bakterielle Cyanidproduktion wird für den Pflanzenschutz und für Biolaugungsverfahren verwendet, insbesondere von Edelmetallen, wie Silber und Gold, aus Erzen oder Abfallstoffen. Durch die vom hcnABC-Operon kodierte Cyanidsynthase wird Glycin von Bakterien über Imminoessigsäure zu Cyanid und CO2 oxidiert. In dieser Arbeit wurden erstmals gezielt 55 halo-/alkaliphile und Cyanid-produzierende bzw. resistente Bakterien mit einer Cyanidproduktion von bis zu 18 mg/l isoliert. Die Mehrheit dieser Bakterien gehörte dem Phylum Firmicutes an, jedoch wurden auch Proteobakterien und Bacteroidetes isoliert. Am häufigsten waren Isolate der Gattungen Salipaludibacillus und Alteribacter vertreten. Alle Isolate gehörten der Risikostufe 1 an und waren alkalitolerant. Drei Neuisolate waren alkaliphil und vier Isolate halophil. Insbesondere Isolate der Gattung Mongoliicoccus wiesen eine Resistenz gegenüber ≤ 10 mM Kupfer auf, silberresistente Bakterien wurden nicht isoliert. 18 Neuisolate wurden auf ihre Laugungsfähigkeit mit einem Filterstaub getestet. Hierbei zeigte das Isolat Ps. donghuensis G2#25 die Fähigkeit aus fünf von acht getesteten Biolaugungssubstraten, u.a. aus dem Filterstaub, Gold zu laugen. Die Goldausbeute durch Biolaugung wurde für eine Elektroschrott-Verbrennungsasche durch eine Vorbehandlung mit Lauge verdoppelt. Anschließend wurde mit Hilfe von statistischer Versuchsplanung eine Medienoptimierung durchgeführt, diese ergab eine erneute Verdopplung der Goldausbeute im Vergleich zu dem Standard-Laugungsmedium. In Ps. fluorescens erfolgt die in vivo Regulation der der hcnABC-Transkription durch den anaeroben Regulator ANR. Zum Verständnis der Regulation der Transkription von hcnABC in Ps. donghuensis, zur Erhöhung der Cyanidproduktion, zur Steigerung der Biolaugungsaktivität, aber auch zur gezielten Deletion der hcn-Operons, wurde ein CRISPR/Cas9-System für das Ps. donghuensis G2#25 Eigenisolat etabliert. Es wurden gezielte hcnABC-Promotor- und Operatorveränderungen im Chromosom durchgeführt. Der Austausch des nativen hcnABC-Promotors gegen den induzierbaren PBAD-Promotor führte zu einer erhöhten Cyanidproduktion und zu einer gesteigerten Goldausbeute in den Biolaugungsexperimenten. Die Genomsequenzen von 18 Cyanid-produzierenden Eigenisolaten aus dieser und früheren Arbeiten wurden bestimmt. Ziel war es, die Bakterien näher zu charakterisieren und hcn-Operons zu identifizieren. Aus den 18 Genomsequenzie-rungen wurden 13 geschlossene Genomsequenzen erhalten, die übrigen fielen in mehrere Contigs. In Ps. donghuensis G2#25 wurde, wie auch in Ps. protegens CHA0, neben hcnABC ein zusätzliches putatives Gencluster identifiziert, dessen Genreihenfolge in hcnCAB geändert war. In dem ebenfalls Cyanid-produzierenden Eigenisolat Ps. hutmensis MG#27 wurde ein ähnliches Gencluster identifiziert, ohne dass ein hcnABC-Homolog vorhanden war. Die Identitäten der abgeleiteten Aminosäuresequenzen lagen zwischen 24 % und 40 % zu HcnABC, in 3D-Strukturvorhersagen waren die Untereinheiten beider Proteine jedoch ähnlich. Erst später stellte sich heraus, dass das hcnCAB-Gencluster in Pseudomonaden vermutlich eine D-Hydroxyprolin-Dehydrogenase codiert. Trotzdem führten getrennt durchgeführte chromosomale Deletionen von hcnABC und hcnCAB in Ps. donghuensis zum Verlust der Biolaugungsaktivitäten. In den 18 Genomsequenzen wurden nur in zwei Salipaludibacillus Isolaten hcn-ähnliche putative Cyanidsynthaseoperons identifiziert, jedoch mit veränderter Genreihenfolge und einem Austausch von hcnA gegen ein nicht-homologes Gen. Trotz nachgewiesener Cyanidproduktion wurden bei 14 der genomsequenzierten Eigenisolate keine hcn-ähnlichen Gene identifiziert. Dies legt die Vermutung nahe, dass entweder die Sequenzen der Cyanidsynthase nicht konserviert sind oder dass es weitere bisher unbekannte Mechanismen zur Cyanidproduktion in Bakterien gibt. Zur näheren Charakterisierung der Cyanidsynthase wurde versucht, das Protein zu reinigen. In E. coli Bl21 heterolog exprimierte hcnABC-Gene erwiesen sich als ungeeignet zur Reinigung der Cyanidsynthase, da das Protein nach dem Zellaufschluss in der partikulären Fraktion verblieb. Bei einer Anreicherung der Cyanidsynthase nativ aus Ps. donghuensis verblieb sie in Lösung nach der Abtrennung der Membranbestandteile. Die Cyanidsynthase wurde hierbei über ein Plasmid exprimiert und mit einem Strep-tag C-terminal an HcnC markiert. Eine Reinigung der Cyanidsynthase durch Affinitätschromatographie war nicht erfolgreich, da der Strep-tag wahrscheinlich maskiert war. In vitro Cyanidaktivitätstests mit Zellextrakten der Cyanidsynthase, welche anaerob angereichert wurden, zeigten ein Temperaturoptimum des Enzyms bei 27 °C, Unterschiede zwischen 25 °C und 30 °C waren gering. Die Cyanidproduktion von Zellextrakten, resultierend aus einer aeroben und einer anaeroben Proteinanreicherung, lag bei 0,5 mg/l bzw. 5,4 mg/l. Dies legt die Vermutung nahe, dass die Sauerstoffsensitivität ein möglicher Grund für die nicht erfolgreiche Proteinreinigung ist.

Alternative Abstract:
Alternative AbstractLanguage

Hydrogen cyanide, known as prussic acid, is a toxic chemical compound. The best-known cyanide-producing bacteria are Pseudomonas aeruginosa PA01, Ps. fluorescens/protegens CHA0, Chromobacterium violaceum and Priestia megaterium. Bacterial cyanide production is used for crop protection and bioleaching processes. Mainly precious metals such as silver and gold are solubilized from ores or waste materials. The cyanide synthase, encoded by the hcnABC operon, uses glycine as substrate for the production of cyanide and CO2. Here, 55 halo-/alkaliphilic and cyanide-producing or cyanide-resistant bacteria were specifically isolated for the first time. They showed a cyanide production up to 18 mg/l. Most of the bacteria belonged to the Phylum Firmicutes, especially from the Genera Salipaludibacillus and Alteribacter, in addition some Proteobacteria and Bacteroidetes were isolated. All of them were biosafety level 1 and alkalitolerant bacteria. Three of the newly isolated bacteria were alkaliphilic and four were halophilic. Some Mongoliicoccus isolates were resistant against up to 10 mM copper; silver resistant bacteria could not be isolated. The bioleaching capacity of 18 newly isolated bacteria was tested with a filter dust. Only Ps. donghuensis G2#25 showed gold leaching activity with this material and with four other different industrial transition-metal containing waste materials. The gold yield for this bacterium was doubled by an alkaline pre-treatment of a residue from e-waste incineration in comparison to the standard-leaching media. Subsequently, the gold yield was doubled again by media optimization using statistical test planning with the “design of experiments” methodology. The hcnABC transcription in Ps. fluorescens is regulated by the anaerobic regulator ANR. To understand the hcnABC regulation in Ps. donghuensis, to enhance the cyanide production, and to improve the bioleaching activity, a CRISPR/Cas9-system was established for this isolate. Targeted hcnABC promotor and operator changes were carried out in the chromosome. The exchange of the native hcnABC promotor against the arabinose-inducible PBAD promotor resulted in enhanced cyanide production and gold yield in bioleaching experiments. The genome sequences of 18 newly isolated, cyanide-producing bacteria from this and from previous works were determined. The aim was to characterize the bacteria and to identify hcn operons. From the 18 genome sequences, 13 closed genome sequences were obtained, the rest fell into several contigs. In Ps. donghuensis, the hcnABC operon and an additional gene cluster with the gene order hcnCAB were identified. This was similar in the well-known cyanide-producing bacterium Ps. protegens, however, only the second gene cluster was identified in a newly sequenced Ps. hutmensis isolate, but no hcnABC genes were identified. The amino acid identities of HcnCAB and HcnABC were between 24 % and 40 %. In spite of these low identities, the structural models of these subunits were comparable. Further comparisons showed that the “hcnCAB” gene cluster probably encodes a D-hydroxyproline-dehydrogenase and not a cyanide synthase, so that the cyanide production of the Ps. hutmensis isolate remained unexplained. Nevertheless, separate deletions of Ps. donghuensis hcnABC and hcnCAB lead to loss of cyanide production and bioleaching activity. Among the remaining genome-sequenced isolates, hcn-like gene clusters were only identified in two Salipaludibacillus isolates from the 18 genome sequences. The gene arrangement was different and hcnA was exchanged to a non-homologous gene. The cyanide production was verified for the other 14 sequenced bacteria, however no hcn-like gene cluster was identified. This suggests that either the sequences of the HCN synthase are not conserved or that there are other previously unknown mechanisms for cyanide production in bacteria. To characterize the HCN synthase in more detail, an attempt was made to purify the protein form E. coli cells heterologously expressing the genes. However, this proved to be unsuitable because the protein remained in the particulate fraction after cell disruption. The native HCN synthase from Ps. donghuensis, expressed via plasmid and with a strep-tag attached to the C-terminus of HcnC, remained in solution after cell lysis and anaerobic protein enrichment. However, affinity chromatography purification was not successful, most probably due to masking of the strep-tag. In vitro assays with total cell extracts prepared anaerobically resulted in an optimal temperature of 27 °C with small differences between 25 °C and 30 °C. The cyanide production with aerobically and anaerobically prepared cell extracts was 0.5 mg/l and 5.4 mg/l, respectively, suggesting that the oxygen sensitivity might be one of the reasons for the constant problems with HCN synthase purification.

English
Status: Publisher's Version
URN: urn:nbn:de:tuda-tuprints-269498
Classification DDC: 500 Science and mathematics > 570 Life sciences, biology
Divisions: 10 Department of Biology > Sulfur Biochemistry and Microbial Bioenergetics
Date Deposited: 22 Apr 2024 12:12
Last Modified: 30 Apr 2024 06:11
URI: https://tuprints.ulb.tu-darmstadt.de/id/eprint/26949
PPN: 517363704
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