Lentivirale Vektoren (LV) sind zum dominierenden Werkzeug für den stabilen Gentransfer in Lymphozyten geworden. Insbesondere die Übertragung der kodierenden Sequenz chimärer Antigenrezeptoren (CARs) in T-Zellen gilt als wichtiger Durchbruch der Krebstherapie. Dennoch gibt es Raum für Verbesserungen, insbesondere für die neuesten LV-Generationen, die Gene selektiv in T-Zell-Subtypen einbringen, eine Schlüsselvoraussetzung für die In-vivo-CAR-T-Zellgenerierung. Um die Gentransferraten mit diesen Vektoren zu verbessern, wurden vergleichende Transkriptomanalysen während der CAR-T-Zellerzeugung mit CAR-kodierenden konventionellen Vektoren (VSV-LV) sowie CD8- (CD8-LV) oder CD4-targetierten Vektoren (CD4-LV) durchgeführt. Es wurde festgestellt, dass in CAR-negativen Zellen Gene hoch exprimiert sind, welche im Zusammenhang mit mitotischer Aktivität und antiviraler Restriktion stehen. Mit Rapamycin wurde eine Heruntermodulation verschiedener antiviraler Restriktionsfaktoren, einschließlich der Interferon-induzierten Transmembranproteine (IFITMs) erreicht, was durch Massenspektrometrie (LC-MS) verifiziert werden konnte. Bemerkenswerterweise steigerte Rapamycin die Transduktion für CD8-LV und CD4-LV um bis zu 7-fach, ohne die Aktivitäten der CAR-T-Zellen zu beeinträchtigen, verbesserte jedoch VSV-LV vermittelten Gentransfer nicht. In vivo steigerte Rapamycin die Gentransferraten mit CD8-LV in humanisierten Mäusen sowie die Kinetik der CAR-T-Zellgenerierung und Tumorkontrolle. Die Daten belegen den Wert von Multi-Omics-Ansätzen zur Verbesserung des Gentransfers.