TU Darmstadt / ULB / TUprints

Synthesis of tailor-made bicyclic [4.3.1] aza-amides

Kolos, Jürgen (2023)
Synthesis of tailor-made bicyclic [4.3.1] aza-amides.
Technische Universität Darmstadt
doi: 10.26083/tuprints-00017571
Ph.D. Thesis, Primary publication, Publisher's Version

[img] Text
Dissertation Kolos.pdf
Copyright Information: CC BY 4.0 International - Creative Commons, Attribution.

Download (10MB)
Item Type: Ph.D. Thesis
Type of entry: Primary publication
Title: Synthesis of tailor-made bicyclic [4.3.1] aza-amides
Language: English
Referees: Hausch, Prof. Dr. Felix ; Krewald, Prof. Dr. Vera
Date: 2023
Place of Publication: Darmstadt
Collation: xiii, 262 Seiten
Date of oral examination: 1 February 2021
DOI: 10.26083/tuprints-00017571
Abstract:

FK506-binding proteins (FKBPs) have emerged as a promising drug target due to their role in various diseases like psychiatric disorders, stress-related diseases, chronic pain and in microbial infections. Bicyclic [4.3.1.] aza-amides have proven to be a privileged scaffold for FKBPs and serve as valuable starting point for the development of potent FKBP inhibitors. The aim of this thesis was to further improve the affinity, selectivity and metabolic stability of this compound class. The first part of the thesis was dedicated to the metabolic stability of these ligands. A series of deuterated derivatives was synthesized and a metabolite distribution analysis was conducted. This enabled the localization of metabolic soft spots and narrowed it down to two positions in the molecule. On the one hand, the N-alkyl-amide bond is readily cleaved by oxidative dealkylation. On the other hand, the carbon at the C4-position is prone to oxidation. In order to block the latter position, a novel tricyclic compound was synthesized, bridging the carbon C4 with the amide. The second part of the thesis was dedicated to the effect of a methyl group at the N-α-position. Various pairs of compounds with a methyl group in R- and in S-configuration were synthesized and tested for their binding affinities to FKBPs. All S-isomers displayed an increase in binding affinity, while the R-isomers displayed a significant decrease in binding affinity to all tested FKBPs. Molecular modelling studies were performed for a series of R-methyl, no methyl and S-methyl compounds. Energy maps were created for each compound allowing to determine preferred conformations and studying the effect of pre-organization of the ligand on binding affinity. A compound with an additional rotational barrier was synthesized in order to lock the conformation that most closely resembles the conformation found in the crystal structure. The third part of the thesis was dedicated to bicyclic [4.3.1] aza-amides with a 6-benzo[d]thiazol-2(3H)-one residue at the sulfone amide. This particular residue displayed sub-nanomolar binding affinity to FKBP12 and up to 1000-fold selectivity over FKBP51 and FKBP52. 45 derivatives were synthesized and tested for their binding affinities to FKBPs. Additionally, FP-assays were conducted with different FKBP12 constructs. In the fourth part, a small library of bicyclic [4.3.1] aza-amides with a modification of the vinyl group by Heck-reaction was synthesized. Elucidation of the crystal structures illustrated a vast space for substituents at this position enabling further contacts to the binding pocket. One derivative with a benzonitrile displayed 100-fold improved binding affinity for FKBP12, thus serving as a starting point for crystal structures and future optimizations. The fifth part was dedicated to modifications of different parts of the bicyclic [4.3.1] aza-amide scaffold in order to identify new positions for improvement. A novel series of sulfondiamides and sulfonamides as well as double-C5-substituted bicycles were synthesized and tested for their binding affinities.

Alternative Abstract:
Alternative AbstractLanguage

FK506-bindende Proteine (FKBPs) haben sich aufgrund ihrer Rolle bei verschiedenen Krankheiten wie psychiatrischen Störungen, stressbedingten Erkrankungen, chronischen Schmerzen und bei mikrobiellen Infektionen als vielversprechender Ansatzpunkt für die Entwicklung von Medikamenten erwiesen. Bizyklische [4.3.1.] Aza-amide haben sich als ein privilegiertes Gerüst für FKBPs erwiesen und dienen als wertvoller Ausgangspunkt für die Entwicklung potenter FKBP-Inhibitoren. Das Ziel dieser Arbeit war es, die Affinität, Selektivität und metabolische Stabilität dieser Substanzklasse weiter zu verbessern. Der erste Teil der Arbeit war der metabolischen Stabilität dieser Liganden gewidmet. Es wurden deuterierte Derivate synthetisiert und eine Metabolitenverteilungs-Analyse durchgeführt. Dies ermöglichte die Lokalisierung von metabolischen Schwachstellen und grenzte sie auf zwei Positionen im Molekül ein. Zum einen wird die N-Alkyl-Amid-Bindung durch oxidative Dealkylierung leicht gespalten, zum anderen ist der Kohlenstoff an der C4-Position anfällig für Oxidation. Um letztgenannte Position zu blockieren, wurde eine neuartige tricyclische Verbindung synthetisiert, die den Kohlenstoff C4 mit dem Amid verbrückt. Der zweite Teil war der Wirkung einer Methylgruppe in der N-α-Position gewidmet. Verschiedene Paare von Verbindungen mit einer Methylgruppe in der R- und in der S-Konfiguration wurden synthetisiert und auf ihre Bindungsaffinitäten zu FKBPs getestet. Alle S-Isomere zeigten eine Zunahme der Bindungsaffinität, während die R-Isomere eine signifikante Abnahme der Bindungsaffinität zu allen getesteten FKBPs zeigten. Molekulare Modellierungsstudien wurden für eine Reihe von Verbindungen mit R-Methyl-, ohne Methyl bzw. S-Methyl- durchgeführt. Für jede Verbindung wurden Energiekarten erstellt, um bevorzugte Konformationen zu bestimmen und die Auswirkung der Pre-organisation des Liganden auf die Bindungsaffinität zu untersuchen. Eine Verbindung mit einer zusätzlichen Rotationsbarriere wurde synthetisiert, um die Konformation zu fixieren, die der in der Kristallstruktur gefundenen Konformation am ähnlichsten ist. Der dritte Teil der Arbeit war den bizyklischen [4.3.1] Aza-amiden mit einem 6-Benzo[d]thiazol-2(3H)-one-Rest am Sulfonamid gewidmet. Dieser spezielle Rest zeigte eine subnanomolare Bindungsaffinität zu FKBP12 und eine bis zu 1000-fache Selektivität gegenüber FKBP51 und FKBP52. 45 Derivate wurden synthetisiert und auf ihre Bindungsaffinität zu FKBPs getestet. Zusätzlich wurden FP-Assays mit verschiedenen FKBP12-Konstrukten durchgeführt. Im vierten Teil wurde eine kleine Bibliothek an bizyklischen [4.3.1] Aza-amiden mit einer Modifikation der Vinylgruppe durch die Heck-Reaktion synthetisiert. Die Analyse der Kristallstrukturen zeigte einen großen Raum für Substituenten an dieser Position, die weitere Kontakte zur Bindungstasche ermöglichen. Ein Derivat mit einem Benzonitril zeigte eine 100-fach verbesserte Bindungsaffinität für FKBP12 und kann somit als Ausgangspunkt für Kristallstrukturen und zukünftige Optimierungen dienen. Der fünfte Teil war den Modifikationen verschiedener Teile des bizyklischen [4.3.1] Aza-amid-Gerüsts gewidmet, um neue Positionen für Verbesserungen zu identifizieren. Eine neuartige Serie von Sulfondiamiden und Sulfonamiden sowie doppelt C5-substituierte Bizyklen wurden synthetisiert und auf ihre Bindungsaffinitäten getestet.

German
Status: Publisher's Version
URN: urn:nbn:de:tuda-tuprints-175713
Classification DDC: 500 Science and mathematics > 540 Chemistry
Divisions: 07 Department of Chemistry > Clemens-Schöpf-Institut > Fachgebiet Biochemie
07 Department of Chemistry > Clemens-Schöpf-Institut > Organ Chemistry
Date Deposited: 16 May 2023 12:02
Last Modified: 25 May 2023 06:45
URI: https://tuprints.ulb.tu-darmstadt.de/id/eprint/17571
PPN: 507924193
Export:
Actions (login required)
View Item View Item