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Development of Innovative Bioconjugation Strategies for the Generation of Bi-Specific Antibodies Enabling Targeted Protein Degradation

Lehmann, Tanja Monika (2024)
Development of Innovative Bioconjugation Strategies for the Generation of Bi-Specific Antibodies Enabling Targeted Protein Degradation.
Technische Universität Darmstadt
doi: 10.26083/tuprints-00027268
Ph.D. Thesis, Primary publication, Publisher's Version

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Item Type: Ph.D. Thesis
Type of entry: Primary publication
Title: Development of Innovative Bioconjugation Strategies for the Generation of Bi-Specific Antibodies Enabling Targeted Protein Degradation
Language: English
Referees: Kolmar, Prof. Dr. Harald ; Neumann, Prof. Dr. Siegfried
Date: 24 September 2024
Place of Publication: Darmstadt
Collation: VI, 157 Seiten
Date of oral examination: 8 July 2024
DOI: 10.26083/tuprints-00027268
Abstract:

More than forty years after description of the first technology for generating monoclonal antibodies, they have become a well-established drug class for treating various diseases. Protein engineering efforts and combining forces with classical medicinal chemistry have paved the way to a plethora of antibody-derived molecules that are now being applied, particularly in cancer therapy. Two main classes are antibody-drug conjugates (ADC), meant to deliver cytotoxic payloads to target cells, and bispecific antibodies (bsAb), that are being used for various approaches, e.g. for enhanced tissue specificity or to recruit immune cells to malignant tissue. This work aimed to expand the current toolbox of antibody modalities and develop modular strategies their generation. In the first part of the work, antibodies were used as vehicles to deliver so-called “proteolysis-targeting chimeras (PROTACs)” into tumor cells. PROTACs are bivalent small-molecules that recruit E3 ligases to intracellular protein of interest (POI) and thereby label them for elimination through the endogenous cellular proteasomal degradation mechanism. Despite their promise, PROTACs face challenges such as limited selectivity, cell permeability or poor pharmacokinetics. A possible solution is to equip antibodies with PROTAC-binding domains, e.g. "camelid single-domain antibody" (VHH), and thereby create bispecific antibodies that can deliver PROTACs in a targeted, ADC-like manner. Such bispecifics can be generated by genetic fusion, which however requires individual production of every antibody-VHH combination. Hence, a modular strategy to promptly produce bispecifics capable of delivering PROTACs was developed. This approach involves enzymatically coupling PROTAC-binding VHHs with commercially available antibodies. The resulting conjugates maintain their target binding and internalization properties. Upon incubation with PROTACs, defined antibody-PROTAC complexes were formed. These complexes selectively induce POI degradation, thereby inducing cytotoxicity selectively in cells expressing the target of the antibody. The second part of the work aims on generation of bispecific antibodies for the recruitment of transmembrane E3 ligases to cell surface receptors. Simultaneous binding can induce a spatial proximity between both proteins which ultimately results in degradation of the receptor via the endosome-lysosome pathway. Bispecific antibodies for this approach are typically produced by antibody engineering and recombinant production. Herein, a chemo-enzymatic approach to generate such molecules from already available antibodies has been developed. Therefore, singlechain variable domains (scFv) and antibodies were first equipped with reactive handles using enzymatic conjugation and afterwards connected using SPAAC click reaction. The scFv-antibody conjugates were analyzed for their antigen binding properties and regarding the degradation of different targets. The chemo-enzymatic conjugation used in this work for generation of bispecific antibodies offers flexible and effective solution using commercially available antibodies. While the resulting molecules have been primarily employed for targeted protein degradation, these conjugation strategies can also be harnessed to extend antibodies with additional binder moieties for various other applications.

Alternative Abstract:
Alternative AbstractLanguage

Mehr als vierzig Jahre nach der Beschreibung der ersten Technologie zur Herstellung monoklonaler Antikörper haben sich diese zu einer etablierten Arzneimittelklasse für die Behandlung verschiedener Krankheiten entwickelt. Die Entwicklung von Proteinen und die Kombination mit der klassischen medizinischen Chemie haben den Weg für eine Vielzahl von aus Antikörpern abgeleiteten Molekülen geebnet, die heute vor allem in der Krebstherapie eingesetzt werden. Zwei Hauptklassen sind Antikörper-Wirkstoff-Konjugate (ADC), die zytotoxische Nutzlasten an die Zielzellen abgeben sollen, und bispezifische Antikörper (bsAb), die für verschiedene Ansätze verwendet werden, z. B. für eine verbesserte Gewebespezifität oder zur Rekrutierung von Immunzellen an bösartiges Gewebe. Ziel dieser Arbeit war es, den derzeitigen Werkzeugkasten an Antikörpermodalitäten zu erweitern und modulare Strategien für ihre Erzeugung zu entwickeln. Im ersten Teil der Arbeit wurden Antikörper als Vehikel verwendet, um sogenannte "auf die Proteolyse abzielende duale Moleküle (PROTACs)" in Tumorzellen einzuschleusen. PROTACs sind bivalente kleine Moleküle, die E3-Ligasen an intrazelluläre Proteine von Interesse (POI) rekrutieren und sie dadurch für die Beseitigung durch den endogenen zellulären proteasomalen Abbaumechanismus markieren. Trotz ihres vielversprechenden Potenzials stehen PROTACs vor Herausforderungen wie begrenzte Selektivität, Zellpermeabilität oder schlechte Pharmakokinetik. Eine mögliche Lösung besteht darin, Antikörper mit PROTAC-bindenden Domänen auszustatten, z. B. "camelid singledomain antibody" (VHH), und so bispezifische Antikörper zu schaffen, die PROTACs gezielt und ähnlich wie ADCs verabreichen können. Solche bispezifischen Antikörper können durch genetische Fusion erzeugt werden, was jedoch die individuelle Herstellung jeder AntikörperVHH-Kombination erfordert. Daher wurde eine modulare Strategie zur raschen Herstellung von bispezifischen Antikörpern entwickelt, die PROTACs freisetzen können. Bei diesem Ansatz werden PROTAC-bindende VHHs enzymatisch mit handelsüblichen Antikörpern gekoppelt. Die resultierenden Konjugate behalten ihre Zielbindungs- und Internalisierungseigenschaften bei. Nach Inkubation mit PROTACs bildeten sich definierte Antikörper-PROTAC-Komplexe. Diese Komplexe induzieren selektiv den POI-Abbau und damit selektiv die Zytotoxizität in Zellen, die das Ziel des Antikörpers exprimieren. Der zweite Teil der Arbeit zielt auf die Herstellung bispezifischer Antikörper für die Rekrutierung von Transmembran-E3-Ligasen an Zelloberflächenrezeptoren. Durch die gleichzeitige Bindung kann eine räumliche Nähe zwischen den beiden Proteinen hergestellt werden, die letztlich zum Abbau des Rezeptors über den Endosom-Lysosom-Weg führt. Bispezifische Antikörper für diesen Ansatz werden in der Regel durch Antikörper-Engineering und rekombinante Produktion hergestellt. In diesem Projekt wurde ein chemo-enzymatischer Ansatz entwickelt, um solche Moleküle aus bereits verfügbaren Antikörpern herzustellen. Dazu wurden „einkettige variable Domänen“ (scFv) und Antikörper zunächst durch enzymatische Konjugation mit reaktiven „Handles“ versehen und anschließend durch SPAAC-Klickreaktion miteinander verbunden. Die scFv-Antikörper-Konjugate wurden auf ihre Antigenbindungseigenschaften und auf den Abbau verschiedener Targets untersucht. Die in dieser Arbeit verwendete chemo-enzymatische Konjugation zur Herstellung bispezifischer Antikörper bietet eine flexible und effektive Lösung unter Verwendung handelsüblicher Antikörper. Während die resultierenden Moleküle in erster Linie für den gezielten Proteinabbau eingesetzt wurden, können diese Konjugationsstrategien auch genutzt werden, um Antikörper mit zusätzlichen Bindungseinheiten für verschiedene andere Anwendungen zu erweitern.

German
Status: Publisher's Version
URN: urn:nbn:de:tuda-tuprints-272688
Classification DDC: 500 Science and mathematics > 540 Chemistry
Divisions: 07 Department of Chemistry > Clemens-Schöpf-Institut > Fachgebiet Biochemie > Allgemeine Biochemie
Date Deposited: 24 Sep 2024 12:09
Last Modified: 26 Sep 2024 07:48
URI: https://tuprints.ulb.tu-darmstadt.de/id/eprint/27268
PPN: 521684846
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