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On the Influence of Trimethylamine-N-oxide (TMAO) and Pressure on Hydrophobic Interactions

Folberth, Angelina (2022)
On the Influence of Trimethylamine-N-oxide (TMAO) and Pressure on Hydrophobic Interactions.
Technische Universität Darmstadt
doi: 10.26083/tuprints-00022562
Ph.D. Thesis, Primary publication, Publisher's Version

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Item Type: Ph.D. Thesis
Type of entry: Primary publication
Title: On the Influence of Trimethylamine-N-oxide (TMAO) and Pressure on Hydrophobic Interactions
Language: English
Referees: van der Vegt, Prof. Dr. Nico ; Müller-Plathe, Prof. Dr. Florian
Date: 2022
Place of Publication: Darmstadt
Collation: iii, xviii, 189 Seiten
Date of oral examination: 26 September 2022
DOI: 10.26083/tuprints-00022562
Abstract:

Osmolytes are small organic molecules that influence the protein folding equilibrium and biomolecular condensates formed by liquid-liquid phase separation (LLPS). Thereby they can protect the cell from extracellular stress in the form of other molecules or external variables like pressure, temperature and pH, allowing life to flourish at extreme conditions. Trimethylamine-N-oxide (TMAO) is one such osmolyte, which has been studied due to its presence in deep sea organisms living in high pressure environments. Experimentally, it has been found that TMAO can counteract pressure denaturation and the disappearance of LLPS, both crucial in the functioning of the cell. However, there is still no consensus on the molecular mechanism governing the stabilising effect of TMAO and it is still highly controversial in the sense that it is not clear which interactions are responsible for TMAOs stabilising ability. Protein interactions can be manifold, ranging from electrostatic interactions (salt bridge formation between charged side chains), polar interactions, like hydrogen bonds, and hydrophobic interactions. Furthermore, the reason why TMAO is called a "piezolyte'', an osmolyte specialized in its pressure counteracting ability, and whether it is even distinct from other osmolytes at all is unsure.

This work focuses on hydrophobic interactions, which are one of the main driving forces for protein folding and biocondensate formation. It proposes molecular mechanisms on the cumulative effect of TMAO and temperature, pressure or molecule size on hydrophobic interactions and hydrophobic hydration. For these studies a combination of structural analysis of the solvent and cosolute distribution, thermodynamic data and statistical mechanics analysis was used. Lastly, the folding equilibrium of a miniprotein has been analyzed to transfer the knowledge gained with hydrophobic molecules to a more complex system.

A major problem of computational studies on TMAO effects is the existence of several force fields, which often can not reproduce experimental properties. The results in this work showed that the force field used is capable to capture the general experimentally observed trend of preferential TMAO binding to a small peptide. It is shown that preferential TMAO binding depends on temperature, solute size and charge state (protonation state) of the solute and its functional groups. Generally, the presence of charged groups contribute to TMAO depletion. TMAO is depleted (lowers the solubility of the solute) from small non-polar solutes at low temperatures and switches to preferential binding (increases the solubility of the solute) upon increasing the temperature. Furthermore, TMAO is depleted from small repulsive solutes at all temperatures, but preferentially binds to large repulsive solutes at ambient temperatures. For small solutes TMAO increases hydrophobic interactions independent of preferential TMAO binding, proving that TMAO can increase solute aggregation not only through a depletion mechanism, as is usually proposed in the literature for the stabilising TMAO effect, but also through preferential binding. Intriguingly, preferential TMAO binding to large repulsive solutes drives solute association through a surfactant-like mechanism, dominating at low TMAO concentrations. This leads to a non-monotonic trend in its effect on the association of non-polar solutes, as the contribution of attractive interactions drive solute dissociation, driving the equilibrium to the dissociated state at high TMAO concentrations. Furthermore, this non-monotonic trend prevails at high pressure, but the stabilising TMAO effect of the associated state is enhanced. This effect is due to the enhancement of the TMAO dipole moment upon pressure increase. Force fields which do not take this into account do not exhibit this effect. Thus, in the case of hydrophobic interactions TMAOs piezolytic abilities are caused by its increased dipole moment. Lastly, a protein having hydrophobic, charged and polar interactions was simulated. It has been shown that hydrophobic and electrostatic interactions are strengthened by the presence of TMAO. Additionally, the protein looses protein-solvent hydrogen bonds in the TMAO mixture compared to the pure water case. This destabilizes both the folded and unfolded protein state, but more so the unfolded state as it has a higher solvent accessible surface area. As a result, TMAO drives protein folding due to the loss of favorable protein-solvent hydrogen bonds.

This thesis extends the current knowledge of TMAO effects on hydrophobic interactions. Furthermore, it takes collective effects into account, enhancing the knowledge across the temperature-pressure plane and adding knowledge about other functional group effects. Several stabilising effects of TMAO on hydrophobic interactions and protein folding have been discovered, serving to understand the manifold interactions of TMAO with more complex molecules. These findings can be used for a general understanding of cosolute effects on the polymer collapse equilibrium, protein folding equilibrium and the formation of biocondesates via liquid-liquid phase separation (LLPS).

Alternative Abstract:
Alternative AbstractLanguage

Osmolyte sind kleine organische Moleküle, welche das Faltungsgleichgewicht von Proteinen und die Bildung biomolekularer Kondensate durch liquid-liquid phase separation (LLPS) beeinflussen. Dadurch können sie Zellen von extrazellulärem Stress durch andere Moleküle oder externen Variablen wie Druck, Temperatur und pH schützen und erlauben das Gedeihen von Leben unter extremen Konditionen. Trimethylamine-N-oxide (TMAO) ist ein solcher Osmolyt, der wegen seiner Präsenz in Tiefseeorganismen, welche unter Hochdruckkonditionen leben, untersucht wird. Experimentell wurde gefunden, dass TMAO der Proteindenaturierung durch Druck und der Auflösung von LLPS, beide zentral für die Funktionen der Zelle, entgegenwirken kann. Trotzdem gibt es keinen Konsensus über den molekularen Mechanismus des stabilisierenden Effekts von TMAO und ein möglicher Mechanismus wird weiterhin stark diskutiert in dem Sinne, dass nicht klar ist, welche Interaktionen für TMAOs stabilisierende Fähigkeit verantwortlich sind. Es gibt viele Arten der Proteininteraktionen, von elektrostatischen Interaktionen (Salzbrückenformation zwischen geladenen Seitenketten), polare Interaktionen wie Wasserstoffbrücken, zu hydrophoben Interaktionen. Des Weiteren ist der Grund, weshalb TMAO ein "Piezolyt'', ein Osmolyt spezialisiert in der Fähigkeit Druck entgegenzuwirken, genannt wird und ob es sich von anderen Osmolyten unterscheidet, nicht klar.

Diese Arbeit fokussiert sich auf hydrophobe Interaktionen, welche eine der Haupttriebkräfte für Proteinfaltung und die Formation von Biokondensaten sind. Es werden molekulare Mechnismen über den kumulativen Effekt von TMAO und Temperatur, Druck oder Molekülgröße auf hydrophobe Interaktionen und hydrophobe Hydratation vorgeschlagen. Für diese Studien wurde eine Kombination von strukturellen Analysen der Lösungsmittel und Co-lösungsmittelverteilung, thermodynamische Analysen und statistische Mechanik Analysen genutzt. Zuletzt wurde das Faltungsgleichgewicht eines Mini-proteins analysiert, um das Wissen, welches mit hydrophoben Molekülen erhalten wurde, auf komplexere Systeme zu transferieren.

Ein Hauptproblem computergestützter Studien des TMAO Effekts ist die Existenz mehrerer Kraftfelder, welche oft nicht die experimentellen Eigenschaften reproduzieren können. Die Resultate in dieser Arbeit haben gezeigt, dass das hier genutzte Kraftfeld fähig ist die generellen Trends für das präferenzielle Binden, welche in Experimenten gesehen wurden, nachzubilden. Es wurde gezeigt, dass das präferenzielle Binden von TMAO von der Temperatur, Molekülgröße und Ladungszustand (Protonierungszustand) des gelösten Stoffes und seiner funktionellen Gruppen abhängt. Generell tragen die Präsenz von geladenen Gruppen zur Abstoßung von TMAO bei. TMAO wird abgestoßen (reduziert die Löslichkeit) von kleinen nicht-polaren gelösten Stoffen bei niedriger Temperatur und wechselt zum präferenziellen Binden (erhöht Löslichkeit) bei Erhöhung der Temperatur. Des Weiteren ist TMAO abgestoßen von kleinen repulsiven Molekülen bei allen Temperaturen, bindet jedoch an große repulsive Moleküle bei Raumtemperatur. TMAO erhöht hydrophobe Interaktionen von kleinen Molekülen unabhängig des präferenziellen Bindens. Dies beweist, dass TMAO die Aggregation von gelösten Stoffen nicht nur durch dessen Abstoßung von den Stoffen, wie normalerweise vorgeschlagen, sondern auch durch präferenzielles Binden fördern kann. Faszinierenderweise führt präferenzielles Binden von TMAO an große repulsive gelöste Stoffe zur Assoziation dieser durch einen surfactant-like mechanism, welcher bei niedrigen TMAO Konzentration den Effekt auf die Assoziation nicht-polarer Moleküle dominiert. Dies führt zu einem nicht-monotonen Trend des TMAO Effekts auf die Assoziation nicht-polarer Stoffe, da attraktive Interaktionen die Dissoziation unterstützen, was das Gleichgewicht zum dissoziierten Zustand bei hohen TMAO Konzentrationen verschiebt. Des Weiteren ist dieser nicht-monotone Trend auch bei hohem Druck vorhanden, aber der stabilisierende TMAO Effekt ist erhöht. Dies geschieht durch den erhöhten TMAO Dipol bei hohem Druck. Kraftfelder, die dies nicht einfangen, zeigen den beschriebenen Effekt auf die Assoziation gelöster Stoffe nicht. Daher führt bei hydrophoben Interaktionen der erhöhte TMAO Dipol zu dem Piezolyt-Effekt. Zuletzt wurde ein Protein mit hydrophoben, elektrostatischen und polaren Interaktionen simuliert. Es wurde gezeigt, dass hydrophobe und elektrostatische Interaktionen durch die Präsenz von TMAO erhöht werden. Außerdem verliert das Protein Protein-Lösungsmittel Wasserstoffbrücken in der TMAO Lösung im Vergleich zur Lösung mit purem Wasser. Dies destabilisiert sowohl den gefalteten als auch den entfalteten Proteinzustand, jedoch mehr den entfalteten Zustand durch seine größere Fläche, welche dem Lösungsmittel zugänglich ist. Dadurch führt TMAO zur Proteinfaltung durch den Verlust günstiger Protein-Lösungsmittel Wasserstoffbrücken.

Diese Thesis erweitert das momentane Wissen des TMAO Effekts auf hydrophobe Interaktionen. Außerdem werden kollektive Effekte betrachtet, was zur Erweiterung des Wissens in der gesamten Temperatur-Druck Ebene führt und auch das Wissen zu weiteren funktionellen Gruppen erweitert. Mehrere stabilisierende Effekte von TMAO auf hydrophobe Interaktionen und Proteinfaltung wurden entdeckt, was zu einer tiefen Erfassung der vielfältigen Interaktionen mit komplexeren Molekülen führt. Diese Erkenntnisse nutzen dem generellen Verständnis der Effekte von Co-lösungsmitteln auf das Kollapsgleichgewicht von Polymeren, das Faltungsgleichgewicht von Proteinen und die Bildung von Biokondensaten durch liquid-liquid phase separation (LLPS).

German
Status: Publisher's Version
URN: urn:nbn:de:tuda-tuprints-225623
Classification DDC: 500 Science and mathematics > 540 Chemistry
Divisions: 07 Department of Chemistry > Eduard Zintl-Institut > Physical Chemistry
Date Deposited: 22 Nov 2022 13:04
Last Modified: 23 Aug 2023 12:49
URI: https://tuprints.ulb.tu-darmstadt.de/id/eprint/22562
PPN: 501873627
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