Die FK506 bindenden Proteine (FKBPs) sind eine Proteinfamilie, die zu den Immunophilinen gehören und interessante Wirkstoffziele. FKBP51 ist in Säugetieren mit Stresskrankheiten, metabolischen Krankheiten und chronischem Schmerz assoziiert. Mikrobische und parasitische FKBPs sind wichtig für die Vervielfältigung von Pathogenen, wodurch deren Inhibitoren anti-infektiös wirken. Obwohl die Effekte von FKBP Deletion oder Inhibierung mit Liganden gut charakterisiert sind, sind die für die beobachteten Effekte verantwortlichen Mechanismen unklar und die Literatur dazu oft kontrovers. Um dieses Problem zu lösen, wurden mehrere chemische Werkzeuge sowie MS-basierte Methoden zu deren Charakterisierung und späteren Analyse innerhalb dieser Thesis entwickelt. Die Entwicklung einer Synthese von SAFit2 im Gramm-Maßstab machte das bisher beste verfügbare chemische Werkzeug für FKBP51 in großen Mengen verfügbar und erlaubt damit breit angelegte in vivo Experimente zur weiteren Erforschung von FKBP51 in Säugetieren wie Mäusen. Die Entwicklung einer Synthese für einen Diazirin-Synthesebaustein machte das Koppeln dieses photoreaktiven Bausteins mit beliebigen Proteinliganden oder Molekülen möglich. Dies erlaubt ein breites Spektrum von neuen photoreaktiven Liganden mit vielfältigem Nutzen, wie die Cystein-reaktiven photoaktiven Bausteine und die photoreaktiven Liganden, die in dieser Arbeit synthetisiert wurden, zeigen. Eine simple intakte Proteinmassenanalyse durch LCMS wurde entwickelt. Ergänzend mit einer einfachen top-down Methode wird das Analysieren von in vitro Experimenten mit photoreaktiven Crosslinkern ermöglicht, was die schnelle Identifikation von markiertem Protein mit hoher Selektivität erlaubt. Eine komplexere bottom-up Proteomics-Methode ermöglicht die Verwendung und Analyse von photoreaktiven FKBP Liganden in Zellen, was das Identifizieren von Proteinbindungspartnern und alternativen Bindungspartnern von Liganden ermöglicht. Dies ist durch herkömmliche gezielte Methoden, wie Western Blotting, nicht möglich. Beide Methoden in Kombination mit den photoreatkiven chemischen Werkzeugen bilden eine leistungsstarke Toolbox, um FKBPs in Zellen zu erforschen.